１９９４年７月通过的宪法规定，摩尔多瓦是一个主权、独立、统一和不可分割的国家，坚持政治多元化条件下的民主，实行总统制、三权分立，公有和私有制并存；摩永远为中立国家，不允许在其领土驻扎外国军队。议会实行一院制，共有议席１０１个，任期四年。２０００年７月２７日，摩议会通过的修宪法案生效，摩由原来的半议会制共和国改为议会制共和国。根据新宪法，摩总统的选举方式由过去的全民普选改为议会投票选举，总统在国家事务中的权力被削弱。 

奉行东西方并重的外交政策，重视发展同独联体国家的关系，特别是与俄罗斯的战略伙伴关系，发展同罗马尼亚和乌克兰的睦邻关系，同时将与欧洲一体化列为摩重要的远景目标。坚持中立立场，但参加北约和平伙伴关系框架内的活动。

１９９９年３月，摩重新划分行政区。现全国共划分为１０个县、２个自治区（其中德涅斯特河左岸行政区地位未变）、１个直辖市（基希讷乌）。  

总统为武装力量的最高统帅，即武装力量总司令。武装力量由国防军、边防军和警察部队组成。国防部行使对国防军的领导，此外，军事指挥机关还有边防军总局和警察部队总局（属内务部管辖）。在和平时期，国防军总参谋部负责制定武装力量的军事训练计划。如遇战争情况，总参谋部将在武装力量总司令的领导下，领导军事单位实施保卫国家的活动。国防政策的主要目标是确保国家和人民的安全，按照国际法的准则预防战争和军事冲突，保卫国家独立和领土完整。摩宪法规定摩为中立国家，不容许外国在摩领土上驻军，也不容许利用摩领土进攻别的国家，摩不首先对别国发动军事行动。

１９９１年１２月２７日，中国正式宣布承认摩尔多瓦共和国独立。１９９２年１月３０日，摩中建立大使级外交关系。２０００年６月，摩总统鲁钦斯基对中国进行了国事访问，双方签署了中摩关于在二十一世纪继续加强全面合作的联合声明。２００１年７月，中国国家主席江泽民对摩尔多瓦进行国事访问。２００３年２月，摩尔多瓦总统沃罗宁对中国进行国事访问，双方签署了《中华人民共和国和摩尔多瓦共和国联合公报》。